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孙玉石1964年留校担任助教，1969年任学校宣传组宣传干事，编辑《北大通讯》以及《新北大》校刊。1976年调回北京大学中文系现代文学教研室，参加1981年版《鲁迅全集》的注释工作。1983年、1994年分赴日本东京大学、神户大学任教，开拓并深化了中国现代文学研究的国际学术交流。1985年晋升教授，1989年评为博士生导师。

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