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吴智深2005年起担任东南大学博士生导师，2006年城市工程科学国际研究中心主任； 2009年江苏省玄武岩纤维工程中心主任；2010年东南大学校长特别助理，学术特区城市工程科学技术研究院院长，土木工程学院学术委员会主任，一级学科学术带头人；2011年任玄武岩纤维生产及应用技术国家地方联合工程研究中心主任，国家预应力工程技术研究中心工程技术委员会副主任委员；2013混凝土及预应力混凝土结构教育部重点实验室主任，2018年东南大学校务委员会副主任。
面向资源环境约束趋紧，水土流失、土壤退化、水源污染等问题，切实转变农业发展方式，健全绿色低碳循环的农业产业体系，使农业生产系统与自然生态系统有机融合。通过精准农业、清洁生产、绿色投入等技术创新以及循环经济生产模式的建立，实现化肥农药投入、碳排放的减量和粪污、秸秆等农业废弃物资源化利用水平的提升，让生态农业、绿色农业、低碳乡村成为中国现代农业农村的鲜明底色。
具体而言，一是要持续加大支持科技研发税费优惠政策落实力度，坚持把研发费用税前加计扣除比例提高至100%的政策作为制度性安排长期实施，增强科技研发税收优惠的确定性；二是要持续激发企业科技创新主体的积极性、主动性，以税费优惠政策引导企业走自主创新之路，逐步形成覆盖企业成长和创新全生命周期的税费政策支持体系；三是要持续优化科技成果转化的政策环境，探索丰富针对研发成果收益的税费优惠政策，鼓励产学研深度融合和创新科技成果转化，引导提升科研“软实力”，深度对接产业“新赛道”。
1月初，北京最冷的时候，气温跌破冰点，平谷区南独乐河镇的北京市农林科学院北京油鸡资源保种场里，北京油鸡在“科技舍”里温暖过冬。每只北京油鸡今天食量多少、粪便好不好、叫声是否正常……北京油鸡资源保种场场长曾另超每天都会操心这些事，因为这些油鸡肩负着重任——为北京油鸡品种资源保护、品种选育、科学试验提供保障。