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吴智深研究领域包括结构工程、纤维复合材料、先进传感技术、智能材料/结构及智慧基础设施、城市安全与节能工程等，发表高水平期刊论文500余篇，入选爱思唯尔（Elsevier）中国高被引学者（Most Cited Chinese Researchers）榜单，入选全球前2%顶尖科学家榜单土木领域前百名，论文总引次数名列相关领域国际前茅；著书12册；获国内外发明专利100余项；获国际结构健康监测人物奖、国际土木工程FRP学会（IIFC）奖章最高学术奖、国际先进材料协会奖章（IAAM Medal）各1项，在国内作为第一完成人获国家科技进步二等奖、国家技术发明二等奖，省部级一等奖以上6项，在日本获学术奖4项；主编国内外标准20余项，主持重大研究及工程项目30余项。

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番摊官方中国科学技术大学科技传播系副主任、中国科学院科学传播研究中心副主任袁岚峰说，“九章三号”量子计算原型机只需要百万分之一秒就能处理目前全球速度最快的超级计算机需200亿年才能求解的特定数学问题，这进一步巩固了中国在光量子计算领域的国际领先地位。从珠算到量子计算、从《九章算术》到“九章三号”量子计算机，中国人一直在不断探索“中国计算”新的突破点。