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吴智深研究领域包括结构工程、纤维复合材料、先进传感技术、智能材料/结构及智慧基础设施、城市安全与节能工程等，发表高水平期刊论文500余篇，入选爱思唯尔（Elsevier）中国高被引学者（Most Cited Chinese Researchers）榜单，入选全球前2%顶尖科学家榜单土木领域前百名，论文总引次数名列相关领域国际前茅；著书12册；获国内外发明专利100余项；获国际结构健康监测人物奖、国际土木工程FRP学会（IIFC）奖章最高学术奖、国际先进材料协会奖章（IAAM Medal）各1项，在国内作为第一完成人获国家科技进步二等奖、国家技术发明二等奖，省部级一等奖以上6项，在日本获学术奖4项；主编国内外标准20余项，主持重大研究及工程项目30余项。
2023年“中国天眼”捕获波长可长达几光年的纳赫兹引力波，是宇宙里亘古恒久的背景噪音，比起2016年人类最早发现的高频引力波，它们更难被“收听”。中国科学院国家天文台研究员、北京大学教授李柯伽说，纳赫兹引力波的探测非常困难，科研团队这次实际上采用另外一条路径，通过观测天上的一组天然的时钟毫秒脉冲星，看引力波对脉冲信号产生的影响想办法把引力波留下来的证据找出来。
经专家评审，正阳门箭楼保护修缮工程，未名湖燕园建筑——北京大学俄文楼、外文楼、民主楼修缮工程，明十三陵长陵祾恩殿栏板望柱加固保护工程，新市区泰安里修缮工程，福州新馆文物修缮工程，天坛双环万寿亭及周边建筑油饰彩画修缮工程，地坛斋宫院修缮工程等七项文物保护工程获评2023年北京市文物建筑保护优秀工程；李永革(木作)等四个工作室被认定为不可移动文物修复人才工作室。
下基层、入社区、访居民……为更精准地服务慢病人群，自履职以来，蔡菁菁集中开展了慢病基层调查工作。2023年8月，其团队公布了湖南首个基于医疗机构、基层公卫、医保及疾控数据编撰的心脑血管疾病防控报告《湖南省心血管健康与疾病报告概要(2020)》，提出应加快医防融合、消除信息孤岛、落实健康责任，使医疗资源更好地惠及各界民众。