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学术成果方面，他曾主持国家自然基金面上项目、国家自然基金青年项目、中央引导地方专项、山西省重点研发项目、山西省专利推广转化项目、山西省应用基础研究项目、山西省高校科技创新项目、企业横向项目等15余项，获得2020年“粤港澳大湾区高性能计算”全国博士后学术论坛二等奖。发表学术论文70余篇， SCI收录50余篇、ESI高被引论文10篇、热点论文2篇，以第一作者发表EI收录论文7篇。第一发明人申请国家发明专利20余项，授权10项，出版专著1部。

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雷竞技链接网址下基层、入社区、访居民……为更精准地服务慢病人群，自履职以来，蔡菁菁集中开展了慢病基层调查工作。2023年8月，其团队公布了湖南首个基于医疗机构、基层公卫、医保及疾控数据编撰的心脑血管疾病防控报告《湖南省心血管健康与疾病报告概要(2020)》，提出应加快医防融合、消除信息孤岛、落实健康责任，使医疗资源更好地惠及各界民众。